Ciao Sunrise!
Tanto per cominciare direi che hai decisamente poca RAM... a tal proposito aggiungo che quel "0 altra memoria" indica semplicemente il fatto che il tuo 1200 è in versione "base", ovvero ha solo i 2M di (Chip) RAM di serie.
Semplificando al massimo, Amiga divide la memoria in due tipi: memoria CHIP, accessibile dalla CPU e appunto dai chip custom (che tanto hanno reso famoso questo computer), e memoria FAST, accessibile esclusivamente dalla CPU e pertanto più "veloce" in quanto il processore non deve condividerne l'accesso con nessuno.
C'è un altro problema: il 3.5 e il 3.9 sono aggiornamenti del sistema operativo che non solo sono di per sè più affamati di memoria delle versioni precedenti, ma quel che è peggio vanno a "patchare", spesso in maniera pesante, la ROM/Kickstart presente sull'Amiga, tassativamente 3.1
Questo significa che ora più che mai è necessario avere un sistema "pulito" in cui vengono eseguiti correttamente alcuni programmi della startup-sequence standard altrimenti il rischio di non vedersi funzionare più (quasi) nulla è altissimo...
Non vorrei sembrarti disfattista, ma nelle tue condizioni mi sembra che le strade percorribili siano sostanzialmente solo due:
1. fare "tabula rasa" e installare AmigaOS 3.1, se vuoi lasciare il tuo 1200 inespanso. quantomeno avresti un sistema con più RAM libera per le tue applicazioni, ma tieni sempre presente che oggi come oggi è già dura andare avanti con un Amy pluriespanso...
2. investire qualcosina in una scheda acceleratrice + OS3.9, per avere un sistema un po' più (ma non di tanto eh?!) al passo coi tempi... ma dovrebbe trattarsi di una occasionissima economicamente parlando, perchè si tratta pur sempre di una macchina di oltre 10 anni fa e personalmente non so fino a che punto valga la pena di spendere oltre qualche decina di euro
C'è anche una terza via ma richiede un investimento non indifferente, quindi credo dipenda molto da te/dal tuo budget: passare ad un Amiga nuovo (microA1) con OS4
PS: per un debug dei problemi delle applicazioni (fermo restando che a mio avviso sei davvero a corto di RAM) puoi tentare ad usare un programma come Snoopdos (lo trovi su Aminet, non so se ci sono alternative migliori...) che in tempo reale ti mostra tutto quello che tenta di fare un programma quando lo lanci: che librerie/file cerca di aprire e cose del genere...